Desa Mlese pada jaman dahulu merupakan wilayah Kerajaan Surakarta Kawedanan Gondang Winangoen, Desa Mlese dipimpin oleh seorang Demang. Desa Mlese pada awalnya terdiri dari 4 Dukuh yaitu Mlese, Candi, Birin, Plumbon. Seiring dengan berjalannya waktu dan bertambahnya penduduk Desa Mlese berkembang menjadi beberapa dukuh yaitu Mlese, Candi, Birin, Plumbon, Tunjungsari, Wiromardani, Kepoh, Sidomulyo, Pulorejo dan Sidodadi. 

Keberadaan Kantor Pemerintahan Desa Mlese sempat berubah, yaitu yang pertama terletak di Dukuh Mlese, kedua terletak di Dukuh Birin dan sekarang kembali lagi ke wilayah Dukuh Mlese. 

Adapun urutan Kepala Desa Mlese adalah sebagai berikut :

   Demang                      : DARMO SUHARJO                           Tahun : xxxx                  MLESE                                   

   Kepala Desa I             : WIRO DIHARJO                                Tahun : xxxx  s/d 1972  BIRIN

   Kepala Desa II            : SASTRO SUPARDO                         Tahun : 1972 s/d 1988   BIRIN

   Kepala Desa III           : SUKIMAN SISWO SUWARNO         Tahun : 1989 s/d 1997   SIDOMULYO

   Kepala Desa IV          : MARDIYONO PROJO HARSOYO    Tahun : 1998 s/d 2006   BIRIN

   Kepala Desa V           : BAGIYONO WIDI NUGROHO           Tahun : 2007 s/d 2013   KEPOH

   Kepala Desa VI          : SUPARWATA                                     Tahun : 2013 s/d 2019   MLESE

   Kepala Desa VII         : SUPARWATA                                     Tahun : 2019 s/d 2024   MLESE